Script LPE cells

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                                       Scripts --> LPE-> Cells

Ce script permet d'effectuer une segmentation très précise de l'image par la méthode de la ligne de partage des eaux. Voici une présentation du processus général:

1) Image initial : Voici l'image que nous allons segmenter. Le but est d'isoler chaque cellule de l'image et surtout de séparer celles qui se touchent.

2) Contraste automatique : Pour maximiser les chances de détecter les contours de l'image, on va augmenter au maximum le contraste de l'image en hétirant l'histogramme. Ainsi, tous les niveaux de l'image sont occupés.

3) Seuillage automatique : On va chercher à isoler les cellules et le seuil simple donne de très bon résultat. On utilise ici, la méthode de Fuzzy pour trouver automatiquement le seuil optimal.

4) Bouchage des trous : On utilise ici les outils de la morphologie mathématique pour boucher les trous des cellules.

5) Détection des contours : On détecte ici les contours directement sur l'image binaire. Aussi un simple lapacien fait parfaitement l'affaire. On binarise l'image des contours pour avoir une image binaire.

6) La carte des distances : On calcule l'image qui sera le pilier de la LPE: la carte des distances. On pourra donc grace à cette image trouver le centre des cellules et ainsi séparer deux cellules qui se toucheraient. On introduit ici un second critère de détection : La forme des cellules. (Le premier critère était bien sur les contours des cellules)

7) L'inverse de la carte des distance : On prend l'inverse pour que les minima locaux de l'image correspondent aux centres des cellules et pour simuler correctement le processus d'imertion de la LPE

8) Détection des marqueurs: Tous les centres des cellules correspondent à un minima local. Aussi, il suffit de détecter tous les minima locaux pour trouver les marqueurs de notre image. Si les prétraitement on bien été effectués, toutes les cellules doivent être marquées. Il est intéressant de rappelé qu'àprès la LPE, il y aura autant de région que de marqueurs.

9) Détection des marqueurs: On applique l'algorithme de la LPE sur l'image de la carte des distances avec comme marqueur le centre des cellules et on obtient la segmentation tant attendue.
L'algorithme utilisé ici est l'alogorithme de la LPE par file d'attente hyérarchique sans biais (FAH), définie par S.Beucher.

10) Détection des marqueurs: Pour mieux visualiser le résultat, on superpose les frontières de la LPE sur l'image initiale. En rouge seront marqués les contours qui ont été détectés par la détection des contours. En orange, ce sont les contours qui ont été ajoutés par la LPE.